La compagnie tient sa comptabilité suivant la réglementation en vigueur et selon les dispositions du plan comptable normalisé.

Cette comptabilité fait apparaître notamment en un compte distinct l'ensemble des frais généraux de la compagnie et, en un compte dit "Compte du Trésor", conformément aux dispositions de la présente section et aux instructions du ministre de l'économie et des finances, toutes les opérations prévues à l'article R. 432-13 et aux articles R. 432-15 à R. 432-17, ainsi que les versements effectués par l'Etat au titre de la garantie prévue à l'article R. 432-13 et les sommes reversées à l'Etat en application de l'article R. 432-18. Les fonds qui sont provisoirement laissés à la disposition de la compagnie en application du deuxième alinéa de l'article R. 432-18 doivent être déposés soit à la banque française du commerce extérieur, soit aux chèques postaux, soit, au-delà d'un montant fixé par le ministre de l'économie et des finances, à un compte ouvert au nom de la compagnie dans les écritures du Trésor.