L'agent comptable est nommé et, le cas échéant, remplacé ou révoqué, par arrêté du ministre intéressé et du ministre chargé des finances. Sa rémunération est fixée dans les mêmes formes.

Il est placé sous l'autorité du directeur général. Toutefois, il est personnellement et pécuniairement responsable des actes de sa gestion et reçoit du ministre chargé des finances les directives concernant l'exécution de la partie financière de son service.

Il est tenu, avant son installation, de prêter serment devant la Cour des comptes et de justifier de la constitution d'un cautionnement dont le montant est fixé par arrêté du ministre chargé des finances et des affaires économiques. Sa gestion est soumise aux vérifications de l'inspection générale des finances et du receveur général des finances de Paris et au contrôle de la Cour des comptes.

Il peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents de l'établissement, qu'il constitue ses fondés de pouvoir par une procuration régulière.