Les modalités d'organisation du bilan de compétences sont précisées par arrêté des ministres chargés de la fonction publique, des collectivités territoriales et de la santé, qui détermine notamment les priorités et critères suivant lesquels sont appréciées les demandes formulées par les agents de l'Etat et les agents territoriaux.
L'arrêté peut confier aux organismes paritaires collecteurs agréés la détermination des priorités et critères d'appréciation des demandes de bilans de compétences formées par les agents hospitaliers ainsi que la répartition des crédits qui leur sont consacrés.