Il est statué par le directeur des services fiscaux du département au chef-lieu duquel est localisée la direction de contrôle fiscal dans le ressort de laquelle l'entreprise a son siège sur les demandes d'agrément présentées en application de l'article 239 bis B du code général des impôts, lorsque l'actif net de la société concernée n'excède pas 7,6 millions d'euros et sauf difficultés particulières tenant notamment aux modalités de la liquidation ou à la nature du remploi.

Dans les autres cas, la décision est prise par le ministre de l'économie, des finances et du budget après avis du comité des investissements à caractère économique et social.