La durée des études à l'école du commissariat de la marine est de deux années scolaires et se décompose en deux cycles de formation d'une année scolaire. La durée du premier cycle peut être prolongée d'une année scolaire, notamment pour raisons de santé ou en cas de résultats insuffisants, dans les conditions prévues par le règlement de cette école.

A l'issue du premier cycle de formation, les élèves commissaires de la marine font l'objet d'un classement commun. Ils sont nommés au grade de commissaire de 3e classe le 1er août de l'année au cours de laquelle ils ont satisfait aux conditions de scolarité du premier cycle et prennent rang sur la liste d'ancienneté de leur grade selon ce classement. Ils accomplissent en cette qualité le deuxième cycle de formation.