Les agences et services mentionnés au 4° de l'article R. 324-6 sont dirigés par des directeurs nommés pour une durée de quatre ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale.
Ils comportent un conseil d'orientation qui émet des propositions. Ce conseil peut comprendre des personnalités qualifiées représentant les organisations concernées par les attributions de l'agence ou du service.
Ils peuvent disposer d'un budget propre, constituant une section individualisée au sein du budget de l'établissement.