Sous l'autorité du président, le secrétaire général est chargé de l'organisation administrative et du fonctionnement du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Il est nommé pour une durée de quatre ans renouvelable.
Le secrétaire général peut, dans la limite de ses attributions, déléguer sa signature et désigner les agents habilités à le représenter.
En cas d'empêchement du président ou de vacance de son emploi, le secrétaire général assure l'intérim des fonctions mentionnées à l'article R. 114-10.