Le Haut Conseil comprend des départements chargés, sous la responsabilité du président, de mettre en œuvre les missions énoncées à l'article L. 114-3-1.
Un département, dénommé « Office Français de l'Intégrité Scientifique (OFIS) », met en œuvre les missions mentionnées aux quatrième et dix-septième alinéas du même article. Il est doté d'un conseil d'orientation.
La liste des autres départements, qui peuvent être dotés d'un conseil d'orientation, est fixée par le règlement intérieur.
Le responsable de chaque département est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois.