A compter de sa désignation, et en l'absence de convention contraire antérieure conclue entre les copropriétaires et le mandataire unique, le mandataire unique supporte l'intégralité des frais associés à l'exercice de ses missions.
Le mandataire est remboursé des frais engagés par prélèvement sur les revenus issus de l'exploitation de ce résultat.
Un arrêté du ministre chargé de la recherche fixe les conditions et les modalités de prise en charge des frais engagés par le mandataire unique.