Le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur est soumis aux règles budgétaires et comptables publiques. Ces règles, précisées dans le règlement comptable et financier mentionné à l'article R. 114-4, sont définies conformément aux articles 18 à 20, 24, 29, 38, 50 à 52, 54, 59, 168, 175 à 183, 192 à 196, 198 à 212 et 214 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations du collège relatives au budget et à ses modifications sont adressées pour information aux ministres chargés de la recherche, de l'enseignement supérieur et du budget.