Les emplois permanents de l'établissement public sont pourvus par des agents contractuels. Le statut des personnels de l'établissement public est régi par le décret en Conseil d'Etat pris en application de l'article 7 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et par un décret particulier.

Pour une durée de cinq ans, lorsque les contrats sont conclus pour une activité définie dans le cadre d'une opération de fouilles d'archéologie préventive, leur terme est fixé à l'achèvement de l'activité pour la réalisation de laquelle ils ont été conclus. Un décret en Conseil d'Etat précise les activités pour lesquelles ces types de contrats peuvent être conclus et les règles qui leur sont applicables, notamment en fin de contrat.

Les biens, droits et obligations de l'association dénommée "Association pour les fouilles archéologiques nationales" sont dévolus à l'établissement public dans des conditions fixées par décret.