L'agent comptable est soit un comptable direct du Trésor nommé par le ministre chargé du budget après information préalable de l'autorité organisatrice, soit un agent comptable spécial nommé par le Préfet, sur proposition du conseil d'administration, après avis du trésorier payeur général et placé sous l'autorité administrative du directeur.

Il est personnellement et pécuniairement responsable de sa gestion et de la sincérité de ses écritures. Il est astreint à fournir un cautionnement dont le montant est fixé par le Préfet, après avis du trésorier payeur général et du conseil d'administration de la régie, sur la base d'un arrêté conjoint du ministre chargé des finances et du ministre chargé des transports.

Lorsque le comptable notifie sa décision de suspendre le paiement d'une dépense, le directeur peut lui adresser un ordre de réquisition. Il s'y conforme dans les conditions fixées aux articles 15 ou 55 selon le cas, de la loi n° 82-213 du 2 mars 1982.