Principe général de gouvernance
L'UBE est gérée de façon démocratique avec le concours de l'ensemble des personnels de l'UBE, des personnels des établissements-composantes, des étudiants et de personnalités extérieures.
Le président de l'UBE par ses décisions, le conseil des chefs d'établissements par ses avis, le conseil d'administration par ses délibérations et le conseil académique, par ses délibérations et avis, assurent l'administration de l'UBE.
L'UBE est également dotée d'un comité d'orientation stratégique.
Les services de l'UBE sont placés sous l'autorité de la direction générale des services.