Les modalités de rejets des effluents de la STEC et des stations d'épuration sont définies par l'exploitant et approuvées par le DSND.
Elles respectent les conditions suivantes :
― périodes de rejets : l'exploitant prend dans tous les cas les dispositions nécessaires afin d'étaler les rejets liquides en vue de leur diffusion la plus grande possible.
― les rejets d'effluents de la STEC ne peuvent être effectués que si le débit du canal de Donzère-Mondragon est compris entre 400 et 2 000 m³/s et si le débit du Rhône mesuré à Caderousse est inférieur à 4 000 m³/s. Au-delà de ces limites de débit, les modalités de rejets sont soumises à l'accord préalable du DSND.
― les effluents issus de COMURHEX ou de l'INB/TU5 sont homogénéisés et neutralisés dans des bassins de traitement spécialement affectés.