L'agrément est accordé au centre de santé pour une durée indéterminée. Il peut être retiré par le préfet de région, à titre provisoire ou définitif, sur le rapport du médecin inspecteur de santé publique et après avis de la caisse primaire d'assurance-maladie dans le ressort de laquelle est situé le centre, dès lors que les conditions définies à l'article D. 6323-1 ne sont plus remplies par le centre de santé ou en cas d'abus ou de fraude commise à l'égard des organismes de sécurité sociale ou des assurés sociaux.
Le préfet, préalablement à sa décision de retrait d'agrément, en informe le gestionnaire du centre de santé et l'invite à faire valoir ses observations dans un délai de quinze jours.
La décision de retrait d'agrément fixe la date à laquelle elle prend effet. Elle est notifiée au centre de santé et à la caisse primaire d'assurance-maladie intéressée.