L'exploitant met en place un programme de surveillance de ses émissions dans les conditions fixées aux articles 78 à 89. Les mesures sont effectuées sous la responsabilité de l'exploitant et à ses frais.
Les méthodes de mesure, prélèvement et analyse, de référence en vigueur sont fixées par l'arrêté du 7 juillet 2009 susvisé.
Le premier contrôle est effectué six mois au plus tard après la mise en service de l'installation. Tous les résultats de la surveillance sont enregistrés.
Au moins une fois par an, les mesures sont effectuées par un organisme agréé par le ministre en charge des installations classées choisi en accord avec l'inspection des installations classées, ou, s'il n'en existe pas, accrédité par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par un organisme signataire de l'accord multilatéral pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation (European Cooperation for Accreditation ou EA).