Le conseil d'administration est assisté d'une commission des marchés, dont il fixe la composition, qui peut être complétée après recueil de son avis par arrêté des ministres chargés de l'économie, du budget, de la concurrence et des transports. Cette commission est consultée sur l'attribution des marchés d'un montant supérieur à un seuil fixé par arrêté du ministre chargé des transports après avis du conseil d'administration.