Toute modification apportée aux installations ou aux conditions de fonctionnement entraînant un changement notable du dossier de demande d'autorisation, tout transfert sur un autre emplacement de l'établissement ou d'une partie de l'établissement, nécessite une nouvelle demande d'autorisation qui est soumise aux mêmes formalités que la demande initiale.
Toutefois, les modifications tendant à mieux assurer le respect des prescriptions mentionnées aux articles R. 413-9 et R. 413-19 peuvent être apportées aux installations ou aux conditions de fonctionnement avec l'accord du préfet.