Le conservatoire est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et des établissements publics de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé de la protection de la nature.
Le contrôleur financier assiste aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative.