Le conservatoire est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, ainsi que par l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.
L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la protection de la nature.