Le préfet de région édicte les prescriptions archéologiques, délivre l'autorisation de fouille et désigne le responsable scientifique de toute opération d'archéologie préventive.
Le responsable scientifique est l'interlocuteur du préfet de région et le garant de la qualité scientifique de l'opération archéologique. A ce titre, il prend, dans le cadre de la mise en oeuvre du projet d'intervention de l'opérateur, les décisions relatives à la conduite scientifique de l'opération et à l'élaboration du rapport dont il dirige la rédaction. Il peut être différent pour la réalisation du diagnostic et pour la réalisation de la fouille.