Le conseil scientifique est réuni au moins deux fois par an, sur convocation de son président.

Le président peut constituer des commissions chargées d'étudier les questions ressortissant à la compétence du conseil scientifique. Ces commissions peuvent comprendre des personnes n'appartenant pas à ce conseil, désignées à titre d'expert.

Le directeur général ou son représentant, le directeur chargé des questions scientifiques et techniques et toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances du conseil scientifique et de ses commissions avec voix consultative.

Le directeur chargé des questions scientifiques et techniques prépare les travaux du conseil scientifique et de ses commissions et en assure le secrétariat.

Les procès-verbaux des commissions interrégionales de la recherche archéologique et du Conseil national de la recherche archéologique sont transmis à l'établissement public. Ils sont tenus à la disposition du conseil scientifique.