L'établissement est maître d'ouvrage des opérations de diagnostic et de fouilles d'archéologie préventive. Il en établit les projets et les réalise conformément aux prescriptions des autorités compétentes de l'Etat et aux conditions déterminées en application de l'article 5 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée.

Lorsque le responsable scientifique désigné en application de l'article 2 de la même loi n'appartient pas au personnel de l'établissement, une convention détermine les modalités de sa collaboration avec ce dernier.

Lorsque des services archéologiques des collectivités territoriales, des établissements publics de recherche ou d'enseignement supérieur ou d'autres personnes morales de droit public sont associés à la réalisation d'une opération d'archéologie préventive, les modalités de cette association font l'objet d'une convention. La personne ainsi associée à la réalisation de l'opération peut en outre être partie à la convention prévue à l'article 5 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée.