Pour l'application du dispositif, le gestionnaire d'infrastructure définit, en concertation avec les candidats, les règles de gestion, notamment les cas d'exonération. Ces règles sont publiées dans une annexe du document de référence du réseau (DRR).
Les règles de gestion prévoient notamment des cas d'exonération de pénalités pour les candidats, qui portent a minima sur les demandes :

- effectuées en raison d'une décision prise par un autre gestionnaire d'infrastructure ;
- intervenant à la suite d'une vibration pénalisée à l'initiative du gestionnaire d'infrastructure d'un sillon-jour lié, de quelque façon que ce soit ;
- n'entraînant pas de modification horaire par le gestionnaire d'infrastructure ;
- prolongeant le jalonnement à l'origine ou à destination sans modifier en substance le jalonnement déjà établi ;
- de suppression d'un sillon-jour attribué il y a moins de 30 jours.

Pour le gestionnaire d'infrastructure, les exonérations portent a minima sur les actions de modification ou de suppression, par le gestionnaire d'infrastructure, de sillons incompatibles attribués à des candidats, conséquences du tracé des trains de transport exceptionnels particulièrement encombrants.