L'activité des organismes qualifiés agréés peut faire l'objet de contrôles ou d'audits réalisés par les agents du ministère chargé des transports. Ces derniers peuvent, à ce titre, obtenir du maître de l'ouvrage et de l'organisme contrôlé tous documents ou pièces nécessaires à l'accomplissement du contrôle et assister aux réunions et visites organisées par l'organisme dans le cadre de sa mission d'évaluation.