Le secrétaire général correspond directement avec l'état-major des armées, la direction générale de l'armement, le secrétariat général pour l'administration, les états-majors d'armées, la direction générale de la gendarmerie nationale, la direction centrale du service de santé des armées, la direction centrale du service des essences des armées et le contrôle général des armées, le service du commissariat des armées, le service d'infrastructure de la défense ainsi qu'avec les institutions ou organisations non militaires représentées au sein du conseil supérieur.
Les autorités auxquelles s'adresse le secrétaire général lui répondent directement.