La Commission nationale d'inscription établit chaque année la liste des contrôleurs issus du secteur associatif susceptibles de participer au contrôle des associations de gestion et de comptabilité en binôme avec leurs confrères contrôleurs issus du secteur libéral dont la liste est alimentée par les conseils régionaux.
Elle arrête chaque année la liste des associations de gestion et de comptabilité à contrôler en tenant compte des propositions de la commission qualité du conseil supérieur.
Elle met en œuvre le contrôle structurel des AGC et conclut le contrôle qualité les concernant.