La CNMSS participe aux campagnes nationales de prévention et de dépistage précoce, initiées ou mises en œuvre par les pouvoirs publics dans le cadre des politiques ministérielles en santé. Dans ce cadre, elle met en œuvre, au bénéfice de ses ressortissants des actions individuelles destinées à améliorer l'état de santé de la population en diminuant les risques.
La mise en œuvre de ces actions concerne essentiellement les vaccinations, le dépistage des cancers et la prévention bucco-dentaire.