La gestion du fonds de continuité territoriale est confiée à l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité.
Une convention passée entre l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité et le ministre chargé de l'outre-mer précise les conditions dans lesquelles l'agence assure la gestion, le versement et le contrôle des aides versées et, sans préjudice des dispositions prévues à l'article D. 1803-16, les modalités par lesquelles elle rend compte de l'exécution de ces aides. Cette convention précise notamment les modalités de gestion des aides dans les collectivités où l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité n'est pas représentée.