Le comité directeur de l'océanographie militaire, le comité scientifique de l'océanographie militaire et le comité consultatif des utilisateurs des documents, levés et prestations du SHOM, dont les attributions et la composition sont fixées par arrêtés du ministre de la défense, assistent le conseil d'administration et le directeur général.
Sur proposition du directeur général, le conseil d'administration peut décider de la création de comités consultatifs dont il fixe l'objet, la composition et la durée.