Les agents chargés du contrôle, notamment ceux des services chargés de la police des eaux, ont constamment accès aux installations de prélèvements d'eau et de rejets. L'exploitant leur apporte toute aide nécessaire à la réalisation des prélèvements et des analyses.
Les services chargés de la police des eaux peuvent procéder à la vérification des dispositifs de mesure de l'exploitant.
Au moins une fois par an, les mesures sont effectuées par un organisme extérieur choisi en accord avec les services chargés de la police des eaux.
Les installations de prélèvement sont équipées d'un appareil agréé par les services chargés de la police des eaux permettant de mesurer les volumes d'eau effectivement prélevés.