Le service de médecine de prévention au ministère de la défense est placé sous l'autorité du directeur central du service de santé des armées.
Il est composé, en métropole, de services régionaux de médecine de prévention administrés par les directions régionales du service de santé des armées. Ces services régionaux de médecine de prévention sont divisés en secteurs médicaux géographiques dans lesquels sont implantés les centres de médecine de prévention.