Le conseil d'administration se réunit aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins trois fois par an, sur la convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
La convocation est de droit si elle est demandée par le commissaire du Gouvernement. Il en est de même si elle est demandée, sur un ordre du jour déterminé, par au moins la moitié des membres du conseil d'administration, dès lors que celui-ci ne s'est pas réuni depuis plus de deux mois.
Sur demande de la majorité des représentants du personnel du conseil d'administration, un point peut être inscrit à l'ordre du jour, sous réserve que cette demande soit effectuée vingt et un jours avant la date de réunion du conseil.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres assiste à la séance ou s'y fait représenter. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Un membre du conseil d'administration peut donner procuration à un autre membre du conseil d'administration. Nul ne peut être porteur de plus d'une procuration.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix ; en cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.

Les membres du conseil d'administration peuvent participer à une séance du conseil d'administration par des moyens de visioconférence ou par échange d'écrits transmis par voie électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, dans des conditions précisées par le règlement intérieur.

Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable principal assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° Les orientations stratégiques de l'établissement, notamment les orientations en matière de recrutement des personnels, les conditions générales d'emploi, les conditions de rémunération des personnels mentionnés aux 3° et 4° de l'article L. 4312-3-1, les contrats d'objectifs, les programmes généraux et annuels d'activités et d'investissement ;
2° Le budget et ses décisions modificatives ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ;
5° Le montant des péages de navigation, des droits fixes et des redevances d'occupation domaniale ainsi que des redevances perçues en contrepartie d'usage des services d'information fluviale ;
6° L'administration du domaine qui lui est confié par l'Etat et la gestion de ses biens ;
7° Les subventions ;
8° Les contrats de concession et les marchés publics ;
9° Le compte financier, qui comprend notamment l'annexe et les états de développement des soldes et les propositions relatives à la fixation et à l'affectation des résultats et la constitution de réserves ;
10° La conclusion d'emprunts sur une période n'excédant pas douze mois conformément aux lois et règlements en vigueur ;
11° La création de filiales et les prises, extensions ou cessions de participations financières ;
12° L'acquisition ou l'aliénation des biens immobiliers ;
13° L'octroi d'hypothèques, de cautions ou d'autres garanties ;
14° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
15° Les actions en justice et les transactions ;
16° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
17° Les horaires et les jours d'ouverture des ouvrages de navigation qui lui sont confiés, ainsi que les périodes de chômage, sous réserve des attributions dévolues en cas d'urgence au directeur général et mentionnées à l'article R. 4312-16.

Le conseil d'administration établit son règlement intérieur et peut créer des comités en son sein, dont un comité d'audit et un comité de programmation des investissements.

Dans des conditions qu'il détermine, et à l'exclusion notamment de l'approbation du budget et du compte financier, le conseil d'administration peut déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur général, sous réserve pour lui d'agir dans le cadre des programmes de l'établissement et dans la limite des crédits ouverts par ses budgets. Le directeur général rend compte au conseil d'administration des décisions qu'il a prises par délégation de ce conseil.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par le secrétaire désigné par le président de séance parmi les agents de Voies navigables de France. Le procès-verbal est adressé sans délai au ministre des transports.

Sous réserve des dispositions qui suivent, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires de plein droit, sauf si le commissaire du Gouvernement ou le contrôleur budgétaire y font opposition dans les huit jours qui suivent la réunion du conseil d'administration.

Sauf confirmation par le ministre chargé des transports ou par le ministre chargé du budget de cette opposition dans un délai de quinze jours à partir de l'opposition du commissaire du Gouvernement ou du contrôleur budgétaire, celle-ci est levée de plein droit.

Les délibérations relatives aux emprunts, aux créations de filiales, aux cessions, prises ou extensions de participations financières sont transmises, pour approbation, au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget. Sauf décision expresse de ces ministres dans les quinze jours suivant leur réception, ces délibérations sont réputées approuvées et deviennent exécutoires à l'issue de ce délai.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont transmises, pour approbation, au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget et sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Le délai au-delà duquel le budget est réputé approuvé en l'absence de décision expresse de ces ministres est de quinze jours.

Les actes réglementaires pris par l'établissement sont publiés au Bulletin officiel dématérialisé des actes de Voies navigables de France.

Ce bulletin est édité dans des conditions de nature à garantir son authenticité. Il est consultable de façon permanente et gratuite sur le site de l'établissement.