Le marin est rémunéré, soit à salaires fixes, soit à profits éventuels, soit par une combinaison de ces deux modes de rémunération. Pour les contrats au voyage, le salaire peut être déterminé de manière forfaitaire.

Les parts de pêche et les primes et allocations de toute nature stipulées dans le contrat sont, pour l'application de la présente section, considérées comme salaires.

Le marin est payé des journées employées à sauver les débris du navire, les effets naufragés et la cargaison.

Le marin appelé à remplir une fonction autre que celle pour laquelle il est embarqué et qui est rémunérée par un salaire supérieur au sien a droit à un complément de salaire égal à la différence entre son salaire et le salaire afférent à la fonction qu'il a temporairement remplie.

Un décret en Conseil d'Etat fixe les conditions d'application aux marins des dispositions des articles L. 3231-1 à L. 3231-12, L. 3232-1 à L. 3232-9, L. 3423-7 à L. 3423-9 du code du travail.

Un accord national professionnel ou des accords de branche étendus fixent les modalités de calcul de la rémunération du marin rémunéré à la part et détermine les périodes de travail retenues pour le calcul du salaire minimum de croissance.
Ces périodes ne peuvent être supérieures à douze mois consécutifs calculées sur une année civile.

Pendant le temps de son inscription sur la liste d'équipage, les avantages du droit à la nourriture du marin n'entrent pas en compte pour la détermination du salaire minimum interprofessionnel de croissance ou de la rémunération mensuelle minimale mentionnés au titre III du livre II de la troisième partie du code du travail.

Lorsque la rémunération du marin consiste, en tout ou partie, en une part sur le produit des ventes ou sur d'autres éléments du chiffre d'affaires, le contrat de travail détermine les dépenses et charges à déduire du produit brut pour former le produit net. Aucune déduction autre que celles stipulées ne peut être admise au détriment du marin.

Un décret en Conseil d'Etat détermine, en tenant compte notamment des dispositions de l'article L. 5542-18, les dépenses et les charges qui ne peuvent en aucun cas être déduites du produit brut mentionné au premier alinéa.

Les pièces justificatives du calcul de la rémunération sont tenues à la disposition de l'inspecteur du travail, sur sa demande, ainsi qu'en cas de litige, à la disposition de l'autorité judiciaire.

Un accord national professionnel ou des accords de branche étendus fixent les modalités de lissage, sur tout ou partie de l'année, de la rémunération à la part. A défaut, ces modalités sont fixées par décret en Conseil d'Etat.

Le marin a droit à une augmentation proportionnelle de sa rémunération quel qu'en soit le mode, en cas de prolongation de voyage résultant d'une modification de la destination prévue. Il a droit à un complément indemnitaire, en cas de retardement résultant, à destination inchangée, d'événements affectant la durée prévue du voyage.
Il ne subit aucune réduction de salaires en cas d'abréviation du voyage, quelle qu'en soit la cause.

Lorsque la rupture du contrat au voyage a lieu, du fait de l'employeur, avant le départ du navire :
1° Le marin payé au mois reçoit une indemnité égale aux avances reçues, ou à défaut, au montant du mois de salaire prévu au contrat ;
2° Le marin payé au voyage reçoit une indemnité équivalente à un mois de salaire évalué d'après la durée présumée du voyage.
Le marin est en outre payé des journées passées au service du navire.

Lorsque la rupture du contrat au voyage, du fait de l'employeur, a lieu une fois le voyage commencé :
1° Le marin payé au mois reçoit le salaire stipulé pour le temps qu'il a servi et une indemnité, dont le montant est égal à la moitié des salaires évalués d'après la durée présumée du voyage ;
2° Le marin payé au voyage reçoit l'intégralité des salaires stipulés au contrat.

Lorsque la rupture du contrat mentionnée aux articles L. 5544-43 et L. 5544-44 a pour cause une interdiction de commerce ou un arrêt du navire résultant d'un cas de force majeure :
1° Si le voyage ne peut être commencé, le marin payé au mois ou au voyage est rémunéré des journées passées au service du navire ;
2° Si le voyage ne peut être continué, le marin payé au mois est rémunéré des journées passées au service du navire et le marin payé au voyage reçoit la totalité des salaires stipulés au contrat. Toutefois, en cas de prise, de naufrage ou d'innavigabilité, le marin payé au voyage ne reçoit ses salaires que jusqu'au jour de la cessation de ses services.

Les marins d'un navire qui a prêté assistance ont droit à une part de la rémunération allouée au navire assistant dans les conditions fixées par l'article L. 5132-7.
Le présent article ne s'applique pas aux équipages des navires des entreprises de sauvetage.

En cas de décès du marin pendant la durée du contrat, le montant des salaires dus est fixé dans les conditions ci-après :
1° Lorsque le marin est payé au mois, les salaires sont dus jusqu'au jour du décès ;
2° Lorsque le marin est engagé pour un voyage d'aller seulement et payé au forfait, la totalité des salaires est due si le décès intervient alors que le voyage a commencé ;
3° Lorsque le marin est engagé pour un voyage aller-retour et payé au forfait, la moitié des salaires est due si le décès intervient au cours du voyage d'aller ou au port d'arrivée, la totalité s'il intervient au cours du voyage de retour ;
4° Lorsque le marin est embarqué à la grande pêche, la moitié des salaires est due si le décès intervient pendant la première moitié de la campagne, la totalité si le décès intervient pendant la seconde moitié de la campagne.

Les salaires du marin décédé en travaillant à la défense ou au sauvetage du navire sont dus en totalité, si le navire arrive à bon port, et jusqu'au jour de la cessation des services de l'équipage, en cas de prise du navire, de naufrage ou d'innavigabilité.

En cas de disparition du marin, il est versé à ses ayants droit, outre les salaires échus :
1° Un mois de salaire si le marin était payé au mois ;
2° La moitié des salaires afférents à la traversée d'aller ou de retour au cours de laquelle la disparition a eu lieu si le marin était payé au voyage.