La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat. Elle attribue les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures.

Elle met en oeuvre les mesures de modernisation des préfectures et sous-préfectures et anime les réflexions relatives à leurs missions. Elle suit les dossiers concernant la réforme de l'Etat.

Elle veille au respect des principes de l'organisation déconcentrée de l'Etat et assure la mise en oeuvre et le suivi de la déconcentration.

Elle garantit la mise en oeuvre des programmes relatifs à l'administration territoriale, hors police, placés sous l'autorité du ministre.

Elle assure la gestion du Fonds européen de développement régional et le suivi de la mise en oeuvre des programmes d'aides de l'Union européenne.

Elle exerce une mission de coordination des mesures relatives à l'organisation et aux compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.