La sous-direction « affaires juridiques et administratives » comprend :
- le bureau « droit et déontologie » ;
- le bureau « conventions, brevets et droit aux soins » ;
- le bureau « surveillance administrative » ;
- le bureau « achat public ».

La sous-direction « hôpitaux » comprend :
- le bureau « politique hospitalière » ;
- le bureau « moyens hospitaliers » ;
- le bureau « activité hospitalière ».

La sous-direction « ressources humaines » comprend :
- le bureau « gestion prévisionnelle des métiers et des compétences » ;
- le bureau « gestion du personnel militaire » ;
- le bureau « gestion du personnel civil » ;
- le bureau « recrutement » ;
- le bureau « formation » ;
- le bureau « réserves et aumônerie » ;
- le bureau « affaires communes et condition de vie ».

La sous-direction « action scientifique et technique » comprend :
- le bureau « aptitude médicale et expertise » ;
- le bureau « recherche » ;
- le bureau « santé et sécurité au travail » ;
- le bureau « technique » ;
- le bureau « vétérinaire ».

La sous-direction « organisation, soutien et projection » comprend :
- le bureau « organisation, opérations, relations internationales » ;
- le bureau « patrimoine immobilier » ;
- le bureau « équipements, ravitaillement » ;
- le bureau « audit et qualité » ;
- le bureau « systèmes d'information et de communication ».

La sous-direction « budget et finances » comprend :
- le bureau « programmation et budget » ;
- le bureau « gestion financière et suivi des programmes » ;
- le bureau « contrôle de gestion ».

Le directeur central du service de santé des armées est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.