Le conseil d'administration comprend vingt et un membres ainsi répartis :
1° Six représentants de l'Etat :
― un représentant du ministre chargé du développement durable ;
― un représentant du ministre chargé de l'urbanisme ;
― un représentant du ministre chargé des transports ;
― un représentant du ministre de l'intérieur ;
― un représentant du ministre chargé du budget ;
― un représentant du ministre chargé de la recherche.
Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres ;
2° Cinq élus représentant les collectivités territoriales et leurs groupements et cinq suppléants :
― un représentant nommé sur proposition de l'Association des maires de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Assemblée des communautés de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Assemblée des départements de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Association des régions de France ;
― un représentant nommé sur proposition de la Fédération des villes moyennes.
3° Cinq personnalités qualifiées, choisies en raison de leur compétence, dont au moins deux issues du monde des associations d'usagers et de protection de l'environnement ;
4° Cinq représentants du personnel de l'établissement et cinq suppléants élus selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du développement durable.
Les membres du conseil d'administration et leurs suppléants sont nommés pour une durée de quatre ans par arrêté conjoint des ministres de tutelle.
Les membres mentionnés aux 2° et 3° ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs.
La fonction de président du conseil d'administration ne peut être exercée pour plus de deux mandats consécutifs.
A la date de son élection, le président du conseil d'administration doit être âgé de moins de soixante-dix ans.
L'élection du président par le conseil d'administration est suivie de celle d'un vice-président. Le président et le vice-président sont issus de deux collèges différents.
Le vice-président supplée le président du conseil d'administration en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant du conseil d'administration, il est pourvu à la vacance pour la durée restant à courir de ce mandat.
Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable, le président du conseil stratégique et le président du conseil scientifique et technique assistent aux séances avec voix consultative.
Assistent également aux séances avec voix consultative les personnes dont la présence est jugée utile par le président du conseil d'administration.
Les fonctions de membre du conseil d'administration s'exercent à titre gratuit.

Le conseil d'administration se réunit aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins trois fois par an, sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
Sur demande d'au moins la moitié des représentants des personnels au conseil d'administration, des points peuvent être inscrits à l'ordre du jour, sous réserve qu'ils l'expriment vingt et un jours au moins avant la date de réunion du conseil.
La convocation du conseil d'administration peut être demandée, sur un ordre du jour déterminé, par au moins la moitié de ses membres, dès lors que celui-ci ne s'est pas réuni depuis plus de deux mois.
Elle est de droit à la demande de l'un des ministres de tutelle.
Le conseil ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente, représentée ou participe à la séance par un moyen de visioconférence ou de communication électronique. Dans ce dernier cas, l'identification des administrateurs concernés et leur participation effective à une délibération collégiale doivent être assurées par une transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité de leurs votes être garantie lorsque le scrutin est secret.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximal de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations du conseil sont prises à la majorité des suffrages exprimés dans les conditions prévues aux cinquième et sixième alinéas. En cas de partage des voix lors d'un scrutin public, celle du président de séance est prépondérante.
Le lieu, la date et l'heure ainsi que l'ordre du jour des séances sont portés au moins quinze jours à l'avance à la connaissance des membres du conseil d'administration et des personnes assistant aux séances avec voix consultative.
Les délibérations font l'objet de procès-verbaux signés du président et adressés aux membres ainsi qu'aux ministres de tutelle, et, s'il y a lieu, aux autres ministres concernés, dans le mois qui suit la séance.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'établissement ;
2° Les orientations stratégiques de l'établissement, les contrats d'objectifs, les programmes généraux d'activités et d'investissement et les rapports qui rendent compte de leur exécution ;
3° La programmation annuelle d'activité de l'établissement ;
4° Le budget et ses modifications ainsi que le compte financier de l'exercice clos et l'affectation des résultats ;
5° Le rapport annuel d'activité ;
6° Les conventions et l'attribution des marchés ;
7° Les prises, extensions et cessions de participations financières ;
8° Les actions en justice et les transactions ;
9° Les recettes et rémunérations de toute nature perçues par l'établissement ;
10° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
11° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
12° Le règlement intérieur du conseil ;
13° Les remises gracieuses et admissions en non-valeur.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président, le directeur général ou un des ministres de tutelle.
Le conseil peut, dans les conditions et limites qu'il fixe, déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur général, à l'exclusion de ceux portant sur les matières mentionnées aux 2°, 3°, 4°, 7°, 10° et 12°. Le directeur général lui rend compte des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.
Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après leur réception par l'autorité de tutelle. En cas d'urgence, les ministres de tutelle peuvent autoriser conjointement leur exécution immédiate. Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret du 7 novembre 2012 susvisé. Les délibérations portant sur les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont approuvées dans les mêmes conditions.

Le secrétaire général du ministère chargé du développement durable exerce les fonctions de commissaire du Gouvernement auprès du CEREMA. En cas d'empêchement, il est suppléé par un fonctionnaire placé sous son autorité.
Le commissaire du Gouvernement assure la mise en cohérence de la position de l'Etat au sein du conseil d'administration et du conseil stratégique de l'établissement et veille à la compatibilité des orientations et des décisions adoptées par ces instances avec les intérêts dont l'Etat a la charge. Il peut s'opposer à toute décision du conseil d'administration à l'exception des délibérations soumises à l'approbation des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget en application du dernier alinéa de l'article 7. Il dispose pour cela d'un délai de quinze jours suivant la réunion du conseil d'administration et en rend compte immédiatement aux ministres de tutelle. A défaut de confirmation expresse par l'un des ministres dans le mois suivant leur information, cette opposition est réputée levée.

La durée du mandat du directeur général est de quatre ans renouvelable une fois.
Le directeur général :
1° Fixe l'organisation de l'établissement et assure le fonctionnement des services ;
2° A autorité sur l'ensemble des personnels et définit leurs attributions ;
3° Nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination, notamment un ou plusieurs directeurs généraux adjoints ;
4° Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans les relations internationales ;
5° Signe les contrats, conventions et marchés ;
6° Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
7° Est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires.
Le directeur général peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement dans des limites qu'il détermine.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs à des agents de l'établissement désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative dans l'établissement ou, dans le cadre des dispositions du 9° et du 10° de l'article 3 dans une unité, un groupement ou un service commun avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer sa signature à des agents, employés par des organismes publics, désignés pour exercer des responsabilités dans le cadre de l'établissement.
En cas de vacance du poste de directeur général, les ministres de tutelle désignent conjointement la personne chargée d'assurer l'intérim de la direction générale jusqu'à la désignation d'un nouveau titulaire des fonctions en cause.

En application des dispositions du huitième alinéa de l'article 46 de la loi du 28 mai 2013 susvisée, le conseil stratégique rend un avis au conseil d'administration préalablement à ses délibérations sur les matières mentionnées au 2° de l'article 7 du présent décret.
Le conseil stratégique est composé de douze représentants de l'Etat et de douze élus représentant les collectivités territoriales. Ses membres sont nommés par arrêté conjoint des ministres de tutelle pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres.
Le président du conseil stratégique est élu par les membres du conseil, en son sein.
Le directeur général et le commissaire du Gouvernement assistent aux réunions du conseil stratégique.
Les fonctions de membre du conseil stratégique s'exercent à titre gratuit.
Les modalités d'application du présent article sont fixées par arrêté conjoint des ministres de tutelle.

Le conseil scientifique et technique est l'instance de réflexion et de proposition consultée par le directeur général pour l'élaboration, la mise en œuvre et l'évaluation de la politique scientifique et technique de l'établissement.
Le directeur général assiste à ses réunions.
Le conseil scientifique et technique est composé de vingt et un membres nommés pour une durée de quatre ans renouvelable une fois :
1° Le président du conseil scientifique et technique, nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle, sur proposition du directeur général ;
2° Quatorze membres nommés, en raison de leurs compétences, par arrêté conjoint des ministres de tutelle, dont quatre sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
3° Six représentants et six suppléants élus parmi les personnels de l'établissement.
Les fonctions de membre du conseil scientifique et technique s'exercent à titre gratuit.
Les modalités d'application du présent article sont fixées par arrêté conjoint des ministres de tutelle.

Les comités d'orientation nationaux et territoriaux, dont les compétences respectives sont précisées au neuvième alinéa de l'article 46 de la loi du 28 mai 2013 susvisée, sont créés par le conseil d'administration sur proposition du directeur général.
Les fonctions de membre de ces comités s'exercent à titre gratuit.
Les modalités d'application du présent article sont fixées par arrêté conjoint des ministres de tutelle.