Si l'exploitant actuel ou le futur exploitant souhaite modifier les conditions d'exploitation, il doit les déclarer au vétérinaire des armées territorialement compétent et transmettre tous les éléments utiles pour l'appréciation du projet, préalablement à son exécution. Ce dernier transmet la déclaration au directeur de la médecine des forces, qui l'adresse au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement accompagné de son avis.
Le directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement statue sur cette déclaration dans un délai de deux mois, en prenant un arrêté modificatif ou en invitant le déclarant à solliciter une révision de l'autorisation existante. A défaut de décision dans ce délai, le projet de modification est réputé accepté.