Les mouvements financiers liés à la collecte de la taxe pour le compte de la Collectivité européenne d'Alsace font l'objet d'une comptabilité distincte retraçant l'ensemble des opérations liées aux missions qui sont confiées au prestataire.
Les sommes en cause sont versées sur un compte ouvert auprès de la Banque de France, spécifiquement dédié au produit de la taxe, et qui ne peut être débité qu'au titre du versement de ce produit au comptable de la Collectivité européenne d'Alsace.