Le médiateur est doté d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget. L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés.
Il est chargé de la tenue des comptabilités du médiateur, du recouvrement des contributions mentionnées à l'article R. 122-9 et de toute autre recette du médiateur, du paiement des dépenses et du maniement des fonds ainsi que des mouvements de comptes de disponibilités.
Le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique est applicable au médiateur qui est, pour l'application de ces dispositions, assimilé à un établissement public administratif dans des conditions précisées par un arrêté du ministre chargé de la comptabilité publique.