La licence cesse d'être valable dès que son titulaire ne remplit plus l'une des conditions fixées pour sa délivrance.
Elle peut être retirée par le préfet de département lorsque son titulaire a été condamné à une peine disciplinaire ou pénale liée à l'exercice des fonctions de marin, après avis de la commission locale, devant laquelle l'intéressé peut présenter ses observations.
Lorsque, après un accident de mer, l'enquête effectuée a mis en évidence à la charge du titulaire de la licence des faits prévus par l'article L. 5242-4, le préfet du département peut suspendre provisoirement la licence jusqu'au prononcé du jugement.