Le fonctionnement des stations de pilotage est exercé sous la tutelle du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci peut imposer aux stations des règles adaptées du plan comptable général.
Les stations sont tenues d'adresser au préfet de région les informations nécessaires à l'exercice des pouvoirs conférés à cette autorité par l'article R. 5341-47. Elles font également parvenir à cette autorité l'état des investissements en biens meubles et immeubles nécessaires à l'exécution du service un mois avant que le budget de la station ne soit arrêté.