Le régime financier et comptable défini par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat est applicable à l'établissement.
(Art. 22 du décret n° 2005-887 du 2 août 2005 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'établissement public d'insertion de la défense.)