Le conseil d'administration de l'Institut national de police scientifique comprend, pour la moitié au moins de ses membres, des représentants de l'Etat ainsi que des personnalités qualifiées et des représentants élus des personnels.
Un conseil scientifique assiste le président du conseil d'administration et le directeur de l'établissement sur les aspects scientifiques et techniques de l'activité de l'institut.
Les services de l'établissement sont dirigés par un directeur nommé par voie réglementaire.