Le secrétaire général est placé sous l'autorité du directeur. Il prépare et met en oeuvre les décisions du directeur. Il dirige le service d'administration générale de l'établissement ; à ce titre il prépare, exécute le budget et assure la gestion administrative et financière.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur.