Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil d'administration se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet ou du suppléant qu'il désigne à titre permanent assisté du directeur du port, cette convocation étant adressée aux membres du conseil d'administration au moins dix jours ouvrables avant la date prévue.
Dès la première réunion du conseil, il est procédé à l'élection du bureau composé du président, du vice-président et du secrétaire choisis parmi les membres du conseil. Les candidats aux fonctions de membres du bureau doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection du bureau, se faire connaître auprès du commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article R. 5313-18. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable. Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil d'administration de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de membre du bureau, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.
Le mandat des membres du bureau prend fin en même temps que celui des administrateurs nommés par décret. Sauf application aux fonctions de président des règles relatives à la limite d'âge, le mandat de ces membres expire avec leur mandat de membre du conseil. Les membres sortants du bureau sont rééligibles à celui-ci.
Le conseil d'administration peut adjoindre au secrétaire des secrétaires auxiliaires pris dans le personnel du port autonome qui assistent aux séances sans prendre part aux délibérations.

Le conseil d'administration établit son règlement intérieur. Il peut constituer dans son sein un comité de direction. Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier assistent aux séances de ce comité avec voix consultative.
La composition du comité de direction, la nomenclature des affaires qui sont de sa compétence et pour lesquelles sa décision engage le conseil, ainsi que toutes les dispositions utiles à son fonctionnement, sont fixées par le conseil d'administration.

Le conseil d'administration peut déléguer certaines de ses attributions, soit au comité de direction, soit au directeur du port.
Toutefois ne peuvent pas faire l'objet de délégation :
a) L'approbation du budget et des comptes annuels ;
b) L'approbation du plan d'organisation et de fonctionnement des services du port autonome, ainsi que des tableaux d'effectifs ;
c) La fixation des conditions générales de rémunération du personnel ;
d) L'approbation des marchés publics d'un montant supérieur à un chiffre fixé par arrêté des ministres chargés des ports maritimes et de l'économie et des finances ;
e) La fixation des conditions et des tarifs des outillages gérés par le port ;
f) L'approbation des prises, cessions ou extensions de participation financière ;
g) L'approbation des conditions des emprunts et des prêts ;
h) L'approbation du dossier relatif à la modification des limites de circonscription prévue à l'article R. 5313-5 ;
i) L'approbation des conventions ayant fait l'objet de la communication écrite mentionnée à l'article R. 5313-19 ;
j) L'approbation des transactions prévue à l'article R. 5313-38 lorsque leur montant est supérieur à 100 000 euros ;
k) L'examen des conventions d'exploitation de terminal prévues à l'article R. 5313-81.
Ne peut être déléguée qu'au comité de direction, la fixation des traitements des personnels dont les échelles ne sont pas fixées par les conventions collectives.

Le conseil d'administration se réunit, sur la convocation de son président, au moins une fois tous les deux mois.
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice assistent à la séance. Toutefois, les délibérations prises à la suite de deux convocations successives, à trois jours d'intervalle, et dûment constatées, sont valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des votants. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le vote a lieu au scrutin secret dans le cas de nomination ou d'avis sur une désignation. Dans ces deux cas, si, après deux tours de scrutin secret, aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour de scrutin et la nomination ou la désignation a lieu à la majorité relative. En cas d'égalité de voix, la nomination ou la désignation est acquise au plus âgé.
Les procès-verbaux sont signés par le président et par le secrétaire. Ils font mention des personnes présentes.
Le directeur assiste avec voix consultative aux réunions du comité de direction et aux séances du conseil d'administration.
Les convocations aux séances sont adressées en temps utile au préfet de région, au commissaire du Gouvernement et à l'autorité chargée du contrôle économique et financier. Elles sont accompagnées des ordres du jour et des mêmes documents que ceux qui sont transmis aux membres du conseil d'administration.
L'autorité chargée du contrôle économique et financier peut demander au président du conseil d'administration l'inscription à l'ordre du jour des questions sur lesquelles il estime nécessaire de provoquer une délibération de cette assemblée.
Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier sont convoqués aux commissions constituées dans le sein du conseil. Ils assistent à ces commissions s'ils le jugent utile.

Les délibérations du conseil d'administration sont transmises au ministre chargé des ports maritimes et au ministre de l'économie et des finances. Elles sont communiquées en même temps, par les soins du président, au commissaire du Gouvernement et à l'autorité chargée du contrôle économique et financier.
Les délibérations relatives aux objets sur lesquels le conseil statue définitivement deviennent de plein droit exécutoires si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans les huit jours qui suivent soit la réunion du conseil d'administration s'il y a assisté, soit la réception du procès-verbal de la séance.
Sauf confirmation par le ministre chargé des ports maritimes dans le délai d'un mois à partir de l'opposition du commissaire du Gouvernement, celle-ci est levée de plein droit.

Le président du conseil d'administration exerce un contrôle permanent sur l'ensemble de la gestion du port. Il veille à l'exécution des décisions prises par le conseil.
Il prépare le rapport que le conseil d'administration doit présenter chaque année sur la situation du port et l'état des différents services. Le rapport du conseil, accompagné d'un extrait du procès-verbal de la discussion, est adressé avant le 1er avril à chacun des ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et des finances, de l'industrie et de la marine marchande.
En cas d'absence ou pour tout autre empêchement, le président du conseil d'administration est provisoirement remplacé dans la plénitude de ses fonctions par le vice-président ou, à son défaut, par un membre désigné par le conseil.