Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil d'administration se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet ou du suppléant qu'il désigne à titre permanent assisté du directeur du port, cette convocation étant adressée aux membres du conseil d'administration au moins dix jours ouvrables avant la date prévue.
Dès la première réunion du conseil, il est procédé à l'élection du bureau composé du président, du vice-président et du secrétaire choisis parmi les membres du conseil. Les candidats aux fonctions de membres du bureau doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection du bureau, se faire connaître auprès du commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article R. 5313-18. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable. Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil d'administration de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de membre du bureau, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.
Le mandat des membres du bureau prend fin en même temps que celui des administrateurs nommés par décret. Sauf application aux fonctions de président des règles relatives à la limite d'âge, le mandat de ces membres expire avec leur mandat de membre du conseil. Les membres sortants du bureau sont rééligibles à celui-ci.
Le conseil d'administration peut adjoindre au secrétaire des secrétaires auxiliaires pris dans le personnel du port autonome qui assistent aux séances sans prendre part aux délibérations.

Le conseil d'administration établit son règlement intérieur. Il peut constituer dans son sein un comité de direction. Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier assistent aux séances de ce comité avec voix consultative.
La composition du comité de direction, la nomenclature des affaires qui sont de sa compétence et pour lesquelles sa décision engage le conseil, ainsi que toutes les dispositions utiles à son fonctionnement, sont fixées par le conseil d'administration.

Le conseil d'administration peut déléguer certaines de ses attributions, soit au comité de direction, soit au directeur du port.
Toutefois ne peuvent pas faire l'objet de délégation :
a) L'approbation du budget et des comptes annuels ;
b) L'approbation du plan d'organisation et de fonctionnement des services du port autonome, ainsi que des tableaux d'effectifs ;
c) La fixation des conditions générales de rémunération du personnel ;
d) L'approbation des marchés publics d'un montant supérieur à un chiffre fixé par arrêté des ministres chargés des ports maritimes et de l'économie et des finances ;
e) La fixation des conditions et des tarifs des outillages gérés par le port ;
f) L'approbation des prises, cessions ou extensions de participation financière ;
g) L'approbation des conditions des emprunts et des prêts ;
h) L'approbation du dossier relatif à la modification des limites de circonscription prévue à l'article R. 5313-5 ;
i) L'approbation des conventions ayant fait l'objet de la communication écrite mentionnée à l'article R. 5313-19 ;
j) L'approbation des transactions prévue à l'article R. 5313-38 lorsque leur montant est supérieur à 100 000 euros ;
k) L'examen des conventions d'exploitation de terminal prévues à l'article R. 5313-81.
Ne peut être déléguée qu'au comité de direction, la fixation des traitements des personnels dont les échelles ne sont pas fixées par les conventions collectives.

Le conseil d'administration se réunit, sur la convocation de son président, au moins une fois tous les deux mois.
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice assistent à la séance. Toutefois, les délibérations prises à la suite de deux convocations successives, à trois jours d'intervalle, et dûment constatées, sont valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des votants. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le vote a lieu au scrutin secret dans le cas de nomination ou d'avis sur une désignation. Dans ces deux cas, si, après deux tours de scrutin secret, aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour de scrutin et la nomination ou la désignation a lieu à la majorité relative. En cas d'égalité de voix, la nomination ou la désignation est acquise au plus âgé.
Les procès-verbaux sont signés par le président et par le secrétaire. Ils font mention des personnes présentes.
Le directeur assiste avec voix consultative aux réunions du comité de direction et aux séances du conseil d'administration.
Les convocations aux séances sont adressées en temps utile au préfet de région, au commissaire du Gouvernement et à l'autorité chargée du contrôle économique et financier. Elles sont accompagnées des ordres du jour et des mêmes documents que ceux qui sont transmis aux membres du conseil d'administration.
L'autorité chargée du contrôle économique et financier peut demander au président du conseil d'administration l'inscription à l'ordre du jour des questions sur lesquelles il estime nécessaire de provoquer une délibération de cette assemblée.
Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier sont convoqués aux commissions constituées dans le sein du conseil. Ils assistent à ces commissions s'ils le jugent utile.

Les délibérations du conseil d'administration sont transmises au ministre chargé des ports maritimes et au ministre de l'économie et des finances. Elles sont communiquées en même temps, par les soins du président, au commissaire du Gouvernement et à l'autorité chargée du contrôle économique et financier.
Les délibérations relatives aux objets sur lesquels le conseil statue définitivement deviennent de plein droit exécutoires si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans les huit jours qui suivent soit la réunion du conseil d'administration s'il y a assisté, soit la réception du procès-verbal de la séance.
Sauf confirmation par le ministre chargé des ports maritimes dans le délai d'un mois à partir de l'opposition du commissaire du Gouvernement, celle-ci est levée de plein droit.

Le président du conseil d'administration exerce un contrôle permanent sur l'ensemble de la gestion du port. Il veille à l'exécution des décisions prises par le conseil.
Il prépare le rapport que le conseil d'administration doit présenter chaque année sur la situation du port et l'état des différents services. Le rapport du conseil, accompagné d'un extrait du procès-verbal de la discussion, est adressé avant le 1er avril à chacun des ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et des finances, de l'industrie et de la marine marchande.
En cas d'absence ou pour tout autre empêchement, le président du conseil d'administration est provisoirement remplacé dans la plénitude de ses fonctions par le vice-président ou, à son défaut, par un membre désigné par le conseil.

Le directeur est l'agent d'exécution du conseil d'administration dans toutes les matières qui sont de la compétence de cette assemblée. Il exerce les attributions qui lui sont déléguées en application de l'article R. 5313-33.
Il rend compte au président du conseil d'administration des décisions qu'il a prises par délégation de ce conseil.

En se conformant aux lois, règlements généraux ou spéciaux à certaines catégories d'agents ainsi qu'aux conventions en vigueur, le directeur nomme à tous les emplois du port, gère, révoque et licencie le personnel, remet à la disposition de leur administration d'origine les fonctionnaires placés dans la position de service détaché et fixe la rémunération du personnel dans les limites arrêtées par le conseil d'administration, sous réserve de l'observation des règles de tutelle.
Le directeur représente le port autonome de plein droit devant toutes les juridictions et pour tous les actes de la vie civile.
Il a la faculté de conclure des transactions dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil et par le règlement intérieur du conseil d'administration. Les transactions sont subordonnées à l'accord préalable du commissaire du Gouvernement et de l'autorité chargée du contrôle économique et financier. Lorsque leur montant est supérieur à 100 000 €, elles sont également subordonnées à l'accord préalable du conseil d'administration.
Le directeur procède aux achats et passe les marchés ou traités.
Le directeur assure la gestion financière du port autonome ; il est ordonnateur principal du port. Des ordonnateurs secondaires peuvent être institués, sur sa proposition, par décision conjointe du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances. Il tient la comptabilité de l'engagement des dépenses. Il émet les ordres de recettes et de dépenses qu'il transmet à l'agent comptable.
Le directeur détermine, dans les limites fixées par le conseil d'administration, l'emploi des fonds excédant les besoins de la trésorerie et le placement des réserves.

Le directeur exerce, dans la limite de la circonscription du port, une action générale sur tous les services publics en ce qui concerne les affaires qui intéressent directement l'exploitation du port.
Les conditions dans lesquelles s'exerce cette action sont précisées, pour les services publics dépendant d'un département ministériel autre que celui des ports maritimes, par un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre intéressé.
Le directeur correspond directement avec les ministres pour les affaires entrant dans leurs attributions et intéressant l'établissement maritime sans être de la compétence du conseil d'administration. Il adresse ampliation au ministre chargé des ports maritimes de la correspondance échangée avec les autres ministres.

Le directeur peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents de l'établissement.

En cas d'absence, le directeur est remplacé dans ses fonctions par un cadre supérieur de l'établissement portuaire désigné à l'avance par le ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration.
Au cas où l'absence se prolongerait, un directeur intérimaire pourrait être désigné par décret pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes soit sur l'initiative de ce dernier après avis du conseil d'administration, soit sur l'initiative du conseil d'administration lui-même.

Le port autonome est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228.

Il est élaboré un plan comptable commun, applicable à l'ensemble des ports autonomes.

Ce plan comptable détermine notamment :

1° Les règles applicables en matière d'évaluation et de réévaluation des immobilisations ;

2° La nature des immobilisations amortissables qui devront être individualisées au bilan ;

3° Les règles de calcul des amortissements et des provisions ;

4° Les méthodes d'évaluation des stocks ;

5° Les normes d'élaboration de la comptabilité analytique d'exploitation, de manière à assurer la connaissance de prix de revient établis sur les bases homogènes.

Le plan comptable est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances, après avis de l'Autorité des normes comptables.

Le conseil d'administration du port autonome doit présenter chaque année à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances un budget établi suivant un modèle arrêté par ce dernier, comportant deux sections distinctes, l'une pour les dépenses et les recettes d'exploitation, l'autre pour les opérations en capital.
Le budget est divisé en chapitres qui ne doivent comprendre que des dépenses ou des recettes de même nature.
1° La section d'exploitation retrace toutes les charges et tous les produits se rapportant au fonctionnement du port. Y sont inscrits en particulier :
En recettes :
a) Les produits des droits de port ;
b) Les revenus des domaines immobiliers perçus par le port ;
c) Les produits de l'exploitation de l'outillage public directement administré ou affermé par le port ;
d) Les produits des taxes et redevances de toute nature dont la perception aurait été régulièrement autorisée ;
e) La participation de l'Etat aux travaux d'entretien mentionnés à l'article R. 5313-69 ;
f) Les participations des départements, des communes, des chambres de commerce et d'industrie territoriales, des chambres de commerce et d'industrie de région des autres établissements publics ainsi que des personnes privées à certaines dépenses d'exploitation du port ;
g) Toutes autres recettes d'exploitation.
En dépenses : toutes les dépenses concernant l'administration, l'exploitation, l'entretien, l'amortissement des ouvrages et des outillages, les intérêts des emprunts contractés par le port, les provisions et, d'une manière générale, toutes les dépenses de gestion du port.
L'excédent net de chaque exercice, après prélèvement de la part de l'Etat, est versé à un compte de réserve ;
2° La section des opérations en capital comprend en particulier :
En recettes :
a) Le produit des amortissements ;
b) Les versements de l'Etat, en capital ou en annuités, au titre des opérations visées aux articles R. 5313-70, R. 5313-71, R. 5313-73 et R. 5313-74 ;
c) Le produit des aliénations de biens mobiliers ou immobiliers ou d'outillages déclassés ;
d) Les produits des emprunts autorisés ;
e) Les participations des départements, des communes, des chambres de commerce et d'industrie territoriales, ou des chambres de commerce et d'industrie de région, de tout autre établissement public ainsi que des personnes privées à certaines dépenses en capital effectuées par le port ;
f) Toutes autres recettes en capital.
En dépenses : toutes les dépenses de renouvellement, de reconstruction, d'amélioration, d'extension des ouvrages ou des outillages ainsi que les remboursements des capitaux empruntés par le port.

Le budget est établi pour la période de douze mois commençant le 1er janvier.
La section d'exploitation est accompagnée d'une annexe faisant apparaître le programme et le montant des dépenses d'entretien et d'exploitation mises à la charge de l'Etat par l'article R. 5313-69.
Les frais généraux du port autonome dont la détermination est nécessaire pour fixer les participations de l'Etat en application de l'article R. 5313-72 font l'objet d'une justification spéciale annexée au budget.
La section des opérations en capital doit comporter une annexe faisant apparaître la liste, le coût total et l'échéancier des paiements des opérations nouvelles de toute nature dont l'engagement est proposé au titre de l'exercice concerné.
Les opérations en capital peuvent donner lieu à des prévisions d'exécution échelonnées sur plusieurs années.

Le budget est présenté par le directeur au conseil d'administration. Il est soumis à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé du budget avant le 1er décembre de l'année précédant l'ouverture de l'exercice.
Dans le cas prévu au deuxième alinéa, deuxième phrase, de l'article L. 5313-10, la décision de créer d'office les ressources nécessaires pour couvrir la totalité des charges d'exploitation est prise par le ministre chargé des ports maritimes et par le ministre chargé des finances.
Si le budget n'est pas encore approuvé à l'ouverture de l'exercice, le directeur peut néanmoins engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, dans la limite des ressources disponibles à cet effet, les dépenses antérieurement autorisées et ordonner les paiements correspondants. Il peut en outre, dans la double limite des prévisions adoptées par le conseil d'administration et des crédits approuvés au titre de l'année précédente, engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, les dépenses indispensables à la continuité de la gestion.
Les modifications au budget reconnues nécessaires en cours d'exercice sont arrêtées et approuvées dans les mêmes formes que cet état.
En cours d'exercice, un suivi de l'exécution du budget, incluant une analyse par poste des écarts avec la prévision, est communiqué au moins deux fois par an au conseil d'administration.

Sauf convention spéciale avec l'Etat, le port ne peut engager des dépenses donnant lieu à participation de l'Etat que dans la proportion des crédits mis à sa disposition pour l'exercice par le ministre chargé des ports maritimes en ce qui concerne les dépenses mentionnées à l'article R. 5313-69, ou des autorisations de programme accordées par le même ministre pour les opérations mentionnées aux articles R. 5313-70 et R. 5313-71.
Il doit régler la cadence d'exécution des opérations mentionnées ci-dessus en fonction des crédits dont il dispose.
Les mêmes règles sont applicables pour la gestion des services annexes confiée au port en application de l'article R. 5313-78.

Le montant des sommes dues par l'Etat pour le remboursement du service de certains emprunts, en application des articles R. 5313-70 et R. 5313-71, fait l'objet d'une note justificative détaillée annexée au budget.
La date de création du port autonome mentionnée au deuxième alinéa des articles R. 5313-70 et R. 5313-71 est la date à laquelle le régime d'autonomie défini au présent chapitre est substitué au régime précédemment en vigueur.

Les marchés des ports autonomes sont soumis au code de la commande publique, à l'exception de la section 3 du chapitre VI du titre IX du livre Ier de la deuxième partie de ce code pour les marchés ne donnant pas lieu à une participation financière de l'Etat.
Les marchés publics inférieurs au seuil mentionné au 1° de l'article L. 2123-1 du code de la commande publique sont soumis à des règles fixées par le conseil d'administration et approuvées par le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé des finances.

Le produit des droits de port perçus par le port autonome constitue une recette ordinaire de l'établissement.
Les droits de port dont la perception est autorisée au profit du port sont recouvrés par l'administration des douanes, conformément à l'article 285 du code des douanes. Les frais de perception et de procédure afférents à ces droits sont supportés par le port autonome dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.
Le produit des droits est versé mensuellement par les soins du service des douanes dans la caisse de l'agent comptable. Si l'importance des recettes l'exige, des versements partiels plus rapprochés peuvent, en outre, être effectués dans l'intervalle des versements mensuels.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être instituées par arrêté du ministre chargé des finances et du ministre chargé des ports maritimes.

Les régisseurs sont nommés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget, le directeur peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit, sous sa responsabilité, par certains agents du port autonome désignés après son accord par le directeur. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Les immeubles remis en jouissance aux ports autonomes par application de l'article R. 5313-6 ne peuvent faire l'objet d'un déclassement, d'une affectation ou d'un transfert de gestion à une collectivité autre que le port autonome, d'une aliénation, que dans les conditions et suivant la procédure prévue par la réglementation applicable aux biens de l'Etat. Toutefois, les aliénations peuvent dans tous les cas être faites à l'amiable et, lorsque la valeur vénale excède le montant fixé en application de l'article R. 3211-6 du code général de la propriété des personnes publiques, après autorisation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé du domaine.
Le produit de la vente ou éventuellement l'indemnité de changement d'affectation est encaissé par l'Etat. Toutefois, la fraction du prix ou de l'indemnité correspondant à la plus-value apportée à l'immeuble par les aménagements réalisés depuis sa remise au port autonome, instituée en vertu du présent chapitre, ou au port autonome ancien auquel il est substitué, est répartie entre l'Etat et le port proportionnellement à leur participation respective au financement de ces aménagements. La valeur de la plus-value est calculée au jour de la vente et la répartition est fixée par décision conjointe du ministre chargé du domaine et du ministre chargé des ports maritimes pour les cessions d'immeubles dont la valeur vénale excède le montant défini en application de l'article R. 3211-6 du code général de la propriété des personnes publiques, par décision conjointe du directeur du port autonome et du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques dans les autres cas.

Le port autonome peut céder à l'amiable les immeubles dont il est propriétaire. Le produit de leur vente lui est totalement acquis. Les opérations de vente font l'objet d'une publicité préalable. Il acquiert à l'amiable ou par voie d'expropriation les immeubles utiles à son développement, après consultation du directeur départemental des finances publiques dans les conditions fixées par les articles R. 1211-1 à R. 1211-8 du code général de la propriété des personnes publiques.

Sur proposition du conseil d'administration du port autonome, le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé des finances peuvent, par décision conjointe, définir, dans les limites de la circonscription du port autonome, un périmètre à l'intérieur duquel des immeubles affectés au port autonome et dépendant partiellement ou totalement du domaine privé de l'Etat peuvent être vendus à charge de remploi. Le recours au remploi, qui consiste en acquisitions de nouveaux immeubles, est décidé, à l'occasion de chaque vente, sur la demande du conseil d'administration. En cas de remploi, l'acquisition des nouveaux immeubles, dont le choix est proposé par le conseil d'administration, doit intervenir dans un délai maximum de cinq ans.
La part du produit de la vente des immeubles qui serait advenue à l'Etat par application des règles définies au second alinéa de l'article R. 5313-52 sera reversée au port autonome et comptabilisée par celui-ci à un compte d'attente jusqu'à la réalisation du remploi. Si celui-ci n'intervenait pas dans le délai précité de cinq ans, la somme serait définitivement acquise à l'Etat.
Les actes d'acquisition en remploi sont passés par l'administration chargée des domaines. Les immeubles ainsi acquis sont réputés pour la totalité appartenir au domaine de l'Etat et soumis, quant à leur administration et à leur aliénation, aux règles définies au premier alinéa de l'article R. 5313-52. En cas de revente ultérieure, le montant de la plus-value résultant des aménagements réalisés est réparti entre l'Etat et le port autonome, conformément aux dispositions du second alinéa de l'article R. 5313-52, le surplus du prix de vente étant partagé entre l'Etat et le port autonome proportionnellement à la valeur des contributions respectives qu'ils avaient apportées au remploi. Toutefois, il peut, dans les conditions fixées par le présent article, être procédé à un nouveau remploi de la part revenant à l'Etat.

Les remises de biens au port autonome prévues par l'article R. 5313-6 ne modifient pas le statut légal des terrains, ouvrages et matériels en ce qui concerne la police de leur conservation.
Le port autonome a le pouvoir de délivrer, dans les conditions prévues par l'article R. 2122-15 du code général de la propriété des personnes publiques, les titres d'occupation du domaine public de l'Etat en application des articles L. 2122-1 à L. 2122-19 du code général de la propriété des personnes publiques.
Les conditions techniques et financières des autorisations d'occupation du domaine public sont arrêtées par le conseil d'administration.

Les dispositions de l'article R. 5312-77 sont applicables aux ports autonomes maritimes.