Sans préjudice des articles L. 3111-17 et L. 3421-2, les services non urbains, réguliers ou à la demande, sont organisés par la région, à l'exclusion des services de transport spécial des élèves handicapés vers les établissements scolaires. Ils sont assurés, dans les conditions prévues aux articles L. 1221-1 à L. 1221-11, par la région ou par les entreprises publiques ou privées qui ont passé avec elle une convention à durée déterminée.

Toutefois, lorsque, à la date de publication de la loi n° 2015-991 du 7 août 2015 portant nouvelle organisation territoriale de la République, il existe déjà, sur un territoire infrarégional, un syndicat mixte de transports ayant la qualité d'autorité organisatrice en matière de transports urbains et de transports non urbains, ce syndicat conserve cette qualité.

Les services mentionnés au premier alinéa du présent article sont inscrits au plan régional établi et tenu à jour par la région, après avis de la conférence territoriale de l'action publique prévue à l'article L. 1111-9-1 du code général des collectivités territoriales et des régions limitrophes intéressées. Le plan régional est mis en consultation par voie électronique, selon les modalités prévues au II de l'article L. 120-1 du code de l'environnement.

Sans préjudice des articles L. 3111-17 et L. 3421-2, les services réguliers non urbains d'intérêt national sont assurés par les entreprises publiques ou privées qui ont passé avec l'Etat une convention à durée déterminée dans les conditions prévues aux articles L. 1221-3 à L. 1221-6. Ces conventions sont soumises à l'avis préalable des régions et départements concernés.

Sans préjudice du premier alinéa de l'article L. 3111-8, en cas de création ou de modification du ressort territorial d'une communauté urbaine, d'une communauté d'agglomération ou d'une métropole entraînant l'inclusion dans son ressort territorial de services de mobilité organisés par une région, cet établissement public est substitué à la région dans l'ensemble de ses droits et obligations pour l'exécution des services de mobilité désormais intégralement effectués sur son ressort territorial. Cette substitution intervient, de droit, dans un délai d'un an à compter de cette création ou de cette modification.

Lorsque la compétence d'organisation de la mobilité est transférée par les communes qui en sont membres à une communauté de communes, créée ou préexistante, ou lorsque le périmètre d'une communauté de communes dotée de cette même compétence est modifié en entraînant la même situation d'inclusion, la substitution, pour l'exécution des services réguliers de transport public, des services à la demande de transport public et des services de transport scolaire, intervient à sa demande, dans un délai convenu avec la région.

Une convention entre les autorités organisatrices concernées fixe les modalités du transfert et les conditions de financement des services de transport non urbains transférés, en tenant compte notamment d'une éventuelle modification du périmètre de l'assiette du versement transport. En cas de litige, le second alinéa de l'article L. 3111-8 s'applique aux procédures d'arbitrage.

Si l'autorité organisatrice de la mobilité créée ou dont le ressort territorial est modifié ne relève pas de la catégorie des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, l'autorité organisatrice de la mobilité peut se substituer aux autres autorités organisatrices de transports après accord entre les parties.

En cas d'application de l'article L. 3111-5, les conventions mentionnées au deuxième alinéa du même article L. 3111-5 sont exécutées dans les conditions antérieures jusqu'à leur échéance, sauf accord contraire des parties. La substitution d'autorité mentionnée audit article L. 3111-5 n'entraîne aucun droit à résiliation ou à indemnisation. Les parties à ces conventions sont informées de cette substitution par l'autorité organisatrice de la mobilité territorialement compétente.

Les transports scolaires sont des services réguliers publics.

La région a la responsabilité de l'organisation et du fonctionnement de ces transports. Elle consulte à leur sujet les conseils départementaux de l'éducation nationale intéressés.

L'autorité compétente de l'Etat consulte la région, dans des conditions fixées par voie réglementaire, avant toute décision susceptible d'entraîner une modification substantielle des besoins en matière de transports scolaires.

Toutefois, à l'intérieur des périmètres de transports urbains existant au 1er septembre 1984, devenus depuis des ressorts territoriaux, cette responsabilité est exercée par l'autorité compétente pour l'organisation de la mobilité et, le cas échéant, par l'autorité organisatrice des mobilités des territoires lyonnais.

L'autorité organisatrice apprécie l'opportunité de recourir à des services de transport scolaire ou à d'autres services réguliers de transport public de personnes, en tenant compte des enjeux de qualité et de sécurité du transport des élèves. Dès lors qu'un service public régulier de transport routier de personnes est consacré principalement au transport d'élèves, il répond à la définition du transport scolaire et est soumis aux dispositions applicables au transport en commun d'enfants.

L'autorité organisatrice peut ouvrir les services de transport scolaire à d'autres usagers sous réserve que cette ouverture n'ait pas de conséquences sur la qualité du service pour les élèves. Ces services demeurent soumis aux dispositions applicables au transport en commun d'enfants.

Le transfert des ressources équivalentes aux dépenses supportées par l'Etat au titre des bourses de fréquentation scolaire, au titre du financement des frais de premier établissement des services de transport réservés aux élèves, des frais de transport des élèves et étudiants gravement handicapés, des élèves des écoles maternelles en zone rurale et des élèves des zones de montagne, s'effectue dans les conditions prévues par le code général des collectivités territoriales.

Les modalités des conventions passées avec les entreprises, et notamment leurs conditions de dénonciation, sont fixées par décret en Conseil d'Etat.

En cas de création ou de modification d'un ressort territorial d'une autorité organisatrice de la mobilité ou de l'autorité organisatrice des mobilités des territoires lyonnais, et dès lors que sont inclus les transports scolaires, une convention est passée entre l'autorité organisatrice de la mobilité, le cas échéant l'autorité organisatrice des mobilités des territoires lyonnais, et la région. Cette convention fixe les conditions de financement des services de transports scolaires dans le nouveau périmètre.

Les procédures d'arbitrage par l'autorité administrative compétente de l'Etat, en cas de litige, sont déterminées par décret en Conseil d'Etat. En ce qui concerne les modalités financières du transfert, cet arbitrage prend en compte le montant des dépenses effectuées par la région au titre des compétences transférées à l'autorité compétente au cours de l'année scolaire précédant le transfert, de sorte que soit assurée la compensation intégrale des moyens nécessaires à l'exercice de la compétence transférée.

Si elles n'ont pas décidé de la prendre en charge elles-mêmes, la région ou l'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains peuvent confier par convention, dans les conditions prévues à l'article L. 1111-8 du code général des collectivités territoriales, tout ou partie de l'organisation des transports scolaires au département ou à des communes, des établissements publics de coopération intercommunale, des syndicats mixtes, des établissements d'enseignement ou des associations de parents d'élèves et des associations familiales. L'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains peut également confier, dans les mêmes conditions, tout ou partie de l'organisation des transports scolaires à la région.

La région peut participer au financement des frais de transport individuel des élèves vers les établissements scolaires.
Une convention avec l'autorité compétente pour l'organisation des transports scolaires prévoit les conditions de participation de la région au financement de ces transports scolaires.

Les services à la demande sont effectués avec des véhicules dont la capacité minimale est fixée par voie réglementaire.

En cas de carence de l'offre de transport, notamment suite à une mise en concurrence infructueuse, il peut être fait appel à des particuliers ou à des associations inscrits, dans des conditions prévues par décret en Conseil d'Etat, conformément aux dispositions de l'article L. 3113-1, au registre des entreprises de transport public routier de personnes, pour exécuter au moyen de véhicules comportant, outre le siège du conducteur, huit places assises au maximum, des prestations de transports scolaires ou des prestations de service à la demande.

Les personnes inscrites au registre des entreprises de transport public routier de personnes dans les conditions mentionnées à l'article L. 3111-12 sont présumées ne pas être liées au donneur d'ordre par un contrat de travail dans l'exécution de l'activité donnant lieu à cette inscription, conformément à l'article L. 8221-6 du code du travail.