Le comité élabore à l'intention du Gouvernement et du Parlement un rapport annuel, qui fera l'objet d'une publication, sur les conditions dans lesquelles ont été conclues les transactions relevant de la compétence des services déconcentrés de la direction générale des douanes et droits indirects ; il procède dans les services déconcentrés de cette direction aux enquêtes qu'il juge utiles. A cette fin, les agents de l'administration sont déliés du secret professionnel vis-à-vis des membres du comité.

Un décret en Conseil d'Etat fixe la composition et les conditions de fonctionnement du comité.