L'agent comptable est nommé dans les conditions fixées par l'article L. 953-2 du code de l'éducation. Il exerce les fonctions de chef du service de la comptabilité de l'établissement.
Le pouvoir de suspension à l'égard des agents comptables est exercé, par le recteur d'académie, chancelier des universités, ou, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. Le ministre qui a prononcé le détachement de l'intéressé est avisé de la suspension.